生物質燃料鍋爐的運行與燃煤鍋爐的運行一樣，根據不同的鍋爐規格型號設置不同的燃燒設備。但由于生物質顆粒燃料是經過壓縮成型的，水分大、密度高、揮發分溢出速度慢，不易著火燃燒，容易冒黑煙。所以要保證生物質燃料燃燒完全，即：要使燃燒設備與所用燃料相適應；要從提高爐膛溫度、改善燃燒來減少不完全損失；要從燃料空氣比例，煤層厚度，爐排速度，爐膛負壓和過量空氣系數等來進行調節和控制；在運行中要加強檢查、維護和保養。
生物質燃料是經過高壓低溫壓縮加工成型的顆粒狀燃料，水分大，體積大，燃料之間相互碰撞阻力大，所以在安裝螺旋式上料機時要注意以下幾個方面：螺旋式上料機安裝時，輸料管與地面下儲料斗連接時要有一定的傾斜角度。但為了節約鍋爐房占地面積，同時又符合鍋爐房設計規范的工藝布置要求，所以輸料管的傾斜角≤60°為宜。在燃料經過螺旋式上料機的螺旋軸轉動下通過輸料管進入到密閉式料斗時，由于燃料層厚度受煤閘門的限制。因此，為了避免燃料進入的太多，造成燃料在密閉式燃料斗和輸料管內積壓，并影響燃料通過煤閘門。可以在螺旋式上料機最上端與密閉料斗連接的輸料管最上端位置開一個檢查孔，并安裝一個行程開關對螺旋式上料機電動機的啟動、停止進行自動控制。當密閉式料斗和輸料管內的燃料積壓時，可以自動切斷螺旋式上料機電動機電源，而使螺旋式上料機停止工作；當密閉式燃料斗和輸料管內的燃料缺少時，自動連接螺旋上料機電源，使螺旋上料機開始工作，往輸料管密閉式料斗內輸送燃料。由于生物質燃料是高揮發分燃料，燃料的燃燒速度比煤快，并且燃燒所含的灰分比煤低，燃料的燃盡率比煤高。生物質燃料的燃盡率可達到96%，而煤的燃盡率在85—94%之間。所以生物質燃料在燃爐中的燃燒溫度能達到1060℃以上。因此根據鍋爐負荷情況，正確調整生物質燃料層的高度及爐排轉，是為了最大的提高鍋爐熱效率的一項措施。一般燃煤鍋爐的煤層厚度控制在100—140毫米之間，負荷高時加高煤層厚度，負荷低時減低煤層高度。爐排機轉速一般情況下可控制在250—400轉/分鐘，最高不超過450轉/分鐘，以維持煤燃料的足夠燃燼時間。而生物質燃料的燃點低、揮發分高、燃燒速度快、燃燼率高、燃燒溫度高。所以根據生物質鍋爐經過一個采暖期運看，我們認為生物質燃料鍋爐的煤層厚度一般控制在130—150毫米之間，負荷高時可加高燃料層厚度，負荷低時減低燃料層厚度。爐排機轉速一般情況下可控制在300—500轉/分鐘，最高不超過550轉/分鐘。以便維持生物質燃料足夠的燃燼時間。如果爐排機轉速過慢，容易引起倒燃而使燃料斗里的燃料著火。所以在鍋爐運行要隨時觀察爐排上燃料燃燒的情況，如燃料斗里的燃料有著火現象，應及時加大爐排機轉速，以消除燃料斗里的燃料著火情況。
生物質燃料具有揮發分高、燃點低、燃燼率高、灰分少的特點，所以為了保證鍋爐燃燒正常運行，在運行時須注意以下幾點：根據鍋爐運行實際燃料的消耗量調整上料機的燃料供給量。高溫裂解室內（爐膛內）的燃料未燃盡，鼓、引風機不得停止運行。運行中突然停電時，必須及時清除高溫裂解室內（爐膛內）的燃料。停爐前，不得再添加生物質燃料。停爐時，無需封火，爐排上燃料燃盡后，鼓、引風機方可停止運行。每班檢查轉動機構運行情況及減速機內的油位是否正常。定期清理折煙室內和煙管內積灰和灰渣。高溫裂解室內（爐膛內）的配氧參數在鍋爐安裝調試好后，請勿亂動。鍋爐操作人員必須責任心強，按操作規程進行作業。
生物質燃料儲存應注意防雨、防潮。生物質燃料如被雨水淋濕或長期放置潮濕的地方，生物質顆粒發生粉化現象，一定注意防范。
